Қандайда болмасын музейдің негізгі құндылығы қор байлығымен анықталады. Қызылорда облыстық тарихи-өлкетану музейі қорында өлкенің ерте заманан қазіргі кезеңге дейінгі тарихын сипаттайтын материалдық және рухани мәдениеттің құндылықтары сақталған. Музейдің барлық ғылыми бөлімдердің негізгі жұмысы музей қорымен тығыз байланысты және бұл жұмыс музей заттарын есепке алу, сақтау, ғылыми тіркеу, ұдайы толықтыру және ғылыми паспорттау мен зерттеуге тікелей бағытталған.
Қор бөлімінің басты міндеті - музей қорын толықтыру, есепке алу, музейлік заттарды ғылыми тұрғыда зерттеу, өңдеу, сипаттап жазу, оларды таңбалау, сақтау орнын ұйымдастыру, түгендеу, тексеру болып табылады.
Музей қорының құрылымы мен құрамы негізгі және көмекші қордан құралады.Музейдің негізгі қорында - тарихи маңызы бар құнды музейлік фото-құжаттар,археологиялық қазба жұмыстары барысында табылған археологиялық жәдігерлер, нумизматикалық материалдар, этнографиялық және зергерлік бұйымдар, қару-жарақтар, бейнелеу өнері туындылары топтастырылған.

Ал, көмекші қорда - заттардың көшірмелері, сақталуы өте нашар, музей жинағында екінші данасы көрсетілген заттар (көшірме) кіреді.
Бүгінде музейдің жалпы қор саны 65939 дана экспонат (10.07.2024ж.), оның 39007 дана экспонат негізгісі, 26932 дана экспонат көмекші қорды құрайды. Музейдің қорында жинақталған экспонаттар классификацияға,деректердің түріне, материалына қарай біріктірілген коллекцияларға бөлінеді.

Атап айтқанда:
- Археология;
- Фото-құжаттар;
- Нумизматика (қағаз, тиын ақшалар);
- Кітап, қолжазбалар;
- Этнография (ағаштан, металл, ыдыстар, зергерлік бұйымдар, жүннен жасалған
бұйымдар мен киімдер т.б.)
- Мүсін;
- Бояқ;
- Әуез аспаптары;
- Кеуде белгілер (орден,медальдар);
- Бейнелеу өнері (мүсін, картина);
-Сирек кездесетін кітаптар мен қолжазбалар;
- Қару-жарақтар (ат-әбзелдері, қару түрлері);

Музей қоры қатаң түрде мемлекеттің есебінде тұрғандықтан, келіп түскен экспонаттар міндетті түрде музейдің есептеу секторында қажетті құжаттармен тіркеліп, реттік нөмері беріледі. Музей қорларына келіп түскен түрлі экспонаттарды зерттеп, есепке алып, ғылыми атрибуциядан өткізіп және сақталуын қамтамасыз ету ісінде музей құндылықтарын есепке алу және сақтау үшін қор бөлімі ерекше қызмет атқарады. Өз жұмысында қор бөлімі музей ісін реттейтін тиісті ережелер мен нұсқауларды басшылыққа алады. Атап айтқанда:
- "Коллекцияны жүйелеу және қорды жинақтау тұжырымдамасы";
- "Музей құндылықтарын есепке алу және сақтау қызметінің ережесі";
- "Ғылыми паспорт толтыру ережесі" және т.б.

Музей қорларын есепке алу – қор жұмысының негізгі бағыттарының бірі. Барлық музей заты мен коллекциялары мемлекеттік есепке алынады. Музей заттары мен коллекцияларын есепке алу – оларды сәйкестендіру, сақтауды ұйымдастыру, орнын анықтау, сақталу жағдайын бақылау, ғылыми-зерттеу және оларды тиімді әрі ұтымды пайдалану мақсатында арнайы есепке алу-сақтау құжаттарына тіркеу болып табылады.
Музей қорларын есепке алу – қор жұмысының негізгі бағыттарының бірі. Барлық музей заты мен коллекциялары мемлекеттік есепке алынады. Музей заттары мен коллекцияларын есепке алу – оларды сәйкестендіру, сақтауды ұйымдастыру, орнын анықтау, сақталу жағдайын бақылау, ғылыми-зерттеу және оларды тиімді әрі ұтымды пайдалану мақсатында арнайы есепке алу-сақтау құжаттарына тіркеу болып табылады.Музей қорын мемлекеттік есепке алу екі кезеңмен жүргізіледі: жаңа түсімдерді алғашқы есепке алу және музей затын ғылыми тіркеу. Осыған байланысты музей заттары алғашқы тіркеуден кейін олардың ғылыми сипаттамасын жасау әрі анықтау сияқты негізігі белгілеріне байланысты ғылыми тіркеуден өтеді.
Қорды жүйелі түрде толықтыру жұмыстары – музей ісіндегі басты ғылыми бағыттардың бірі. Музей қоры бірнеше жолдармен толықтырылады. Негізігі түсім көзі - жекелеген ұйымдар мен тұлғалардың сый-тартулары, жеке адамдардан сатып алу, сондай-ақ жинақтау жұмыстарын жүргізу және арнайы тақырыптарды зерттеу үшін ұйымдастырылған археологиялық және этнографиялық, тарихи, жаратылыстанулық экспедициялар нәтижесінде алынған заттар болып табылады.

Қалпына келтіру жұмыстары бұл салада жаңа технологияларды жүйелі түрде зерттеуге және қалпына келтірудің маңызды шешімдерін қарастыруға бағытталады. Музей заттары музей коллекциясына түскен уақыттан бастап үнемі қор бөлімі қызметкерлерінің назарында болады.
Музей қорын жинау, оны жүйеге түсіру, коллекцияның есебін алып, сақтау – музей жұмысы, қалай да осылардан басталады. Қордан сыртқа шығатын экспонаттардың сақталу сипаттамасын актілеу, ұдайы картотекамен (авторлық жалпы және жұмысшы) жұмыс істеу, экспонаттарды суретке түсіру, сипаттама беру, көрмелерді кешендеп, бір жаққа жіберуге дайындау, музейдің жалпы каталогымен жұмыс істеу - қор бөлімінің жұмыстарының бірі.